원곡동은 조선시대에는 안산군 와리면 원상리(元上里)와 모곡리(茅谷里)라 칭했다. 1914년 3월 1일 부령 제111호에 따라 시흥군 군자면 원곡리로 개칭되었고, 1979년 경기도 반월지구출장소가 설치되면서 군자지소에 속하였다가, 1986년 1월 1일 법률 제3798호에 의거 안산시 승격으로 군자동으로 개청되었다.

1988년 10월 1일 안산시 조례 제213호에 의거, 군자동에서 원곡1·2동이 분동됐으며, 1994년 1월 1일 안산시 조례 제500호에 의거, 원곡동으로 동명칭이 변경되었다.

2017년 7월 1일 조례 제2070호에 의거, 원곡동에서 신길동이 분동되어 원곡동으로 동명칭을 변경하여 현재에 이르게 되었다.